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==== 日軍佔領與資產損失（1942–1945） ====
1942年初，日軍佔領咸美頓。咸美頓國際機場被日軍徵用為太平洋戰區的重要航空基地，更名為「昭和飛行場」。慶寧航空的總部大樓、主維修機庫及航站設施被日軍接管。公司的大批飛機、零件、燃料及地面設備被掠奪或銷毀。部分尚可使用的慶寧航空飛機被日軍塗上日章旗標誌，投入前線運輸。

慶寧航空的剩餘人員在咸美頓淪陷前撤往內陸安全地區，並在戰時臨時首都山川都附近建立了後方基地。公司以有限的資源維持少量運輸服務，主要服務政府撤離人員及醫療物資運送。部分技術骨幹則加入軍方飛機維修單位，為戰爭努力貢獻專業技能。

戰爭期間，慶寧航空損失極其慘重。據戰後統計，公司共損失各型飛機約70架，其中包括大量DC-3及波音307等主力機型；地面設施及維修設備大部分被毀，咸美頓總部大樓及主要機庫遭受嚴重破壞；員工傷亡及失蹤逾1,500人，其中包括多名資深飛行員及管理人員。公司在淪陷區的不動產及設備損失折合約2,000萬慶寧元，在當時是一筆巨大的數額。